Portugals flagga har genomgått många förändringar sedan den först omnämnts i historiebeskrivningarna.
Den första versionen av flaggan anses vara införd av greve Henrique av Portugal (1066 – 1112) som regerade under år 1096 – 1112. Flaggan antas ha varit vit och blå, tämligen lik den finländska. Beskrivningen av flaggan är en rekonstruktion och det är inte helt säkert att detta är korrekt.
Den nuvarande flaggan antogs den 30 juni 1911 i perioden då Portugals statsskick ändrades från monarki till republik. Den gröna färgen representerar Henrik Sjöfararen, en portugisisk prins från 1400-talet. Den röda färgen står för revolutionen.
Den röda skölden i flaggan innehåller 7 fästningar och 5 blå vapensköldar. Bakom skölden finns en armillarsfär.
Antalet fästningar i flaggan har varierat genom århundradena. Det finns flera teorier angående fästningarna. En teori är att de symboliserar de fästningar som försvarade landet mot inkräktare som morerna. En annan teori är att de visar på anknytningen till Kastillien från kungahuset under kung Alfonso III. Han gifte sig år 1253 med Beatrice, en oäkta dotter till kung Alfonso X från Kastillien. Kungahuset i Kastillien har en fästning i sitt vapen.
De 5 blå vapensköldarna sägs komma från prins Alfonso Henriques som besegrade 5 moriska kungar. De moriska kungarna leddes av Ali ibn Yusuf från kungahuset Almoravid. Prins Alfonso hade innan slaget fått en uppenbarelse från Kristus och efter att han vunnit slaget införde han 5 vita cirklar i sköldarna, fälten symboliserar Kristus 5 sår. Slaget kallas för miraklet vid Ourique, den 25 juli 1139. Det finns historiker som betvivlar att de vita fälten har med Kristus sår att göra, antalet vita cirklar har varierat på flaggan under olika kungar.